Khu đô thị tự trị San Nicolás nằm trên vùng Costa Chica phía đông nam bang Guerrero; phía tây, bắc và đông giáp Cuajinicuilapa, phía đông nam giáp Oaxacan khu Santiago Tapextla còn phía tây nam giáp Thái Bình Dương. Tổng diện tích 167,22 kilômét vuông (64,56 dặm vuông Anh) . Bờ biển Thái Bình Dương tại đây là nơi quan trọng cho rùa da làm ổ và được bảo tồn thành khu Ramsar Playa Tortuguera Tierra Colorada.[4]

San Nicolás có khí hậu ôn đới ẩm, nhiều mưa vào hè. Nhiệt độ trung bình dao động từ 24 và 28 °C (75–82 °F) và lượng mưa trung bình hàng năm dao động trong khoảng 1.100 và 1.300 milimét (43–51 in).[5]